Accusata dell'assassinio del suo ex mentore, Werner Von Croy, Lara diventa una fuggitiva. Seguendo gli appunti scritti su un diario lasciatole da Von Croy, Lara finisce in una corsa contro il tempo per ritrovare degli artefatti prima di un'alleanza segreta, il quale scopo è dominare il mondo e resuscitare spaventose bibliche creature conosciute come Nephilim.

Pieter Van Eckhardt è il nemico principale in Tomb Raider Angel of Darkness. Era un malvagio alchimista del XV secolo che creò un'arma potentissima chiamata Sanglyph. Per tenere il Sanglyph al sicuro, Eckhardt lo divise in cinque pezzi che nascose in cinque dipinti da lui creati, raffiguranti immagini demoniache.

Eckhardt diventò sempre più malvagio e potente. Infine creò un ordine conosciuto come Cabal, che consisteva in un'alleanza tra cinque potenti alchimisti incluso Eckhardt. Si preparò a resuscitare un'estinta ibrida razza di angeli chiamata Nephilim, che fu la ragione per cui egli creò il Sanglyph. Credeva che attraverso l'uso dei Nephilim avrebbe ottenuto il potere sul mondo. Per le sue intenzioni, un ordine chiamato Lux Veritatis ("luce della verità" in latino) nacque per fermare Eckhardt ed il Cabal. Gli altri membri del Cabal furono alla fine uccisi da Eckhardt per conservare i segreti che avevano. I Lux Veritatis acquisirono i Cristalli di Luce, antica arma di luce che fu utilizzata per estinguere la razza Nephilim in tempi biblici. I tre frammenti furono usati contro Eckhardt, che rimase intrappolato in uno stato di paralisi. I Lux Veritatis (guidati da Fratello Obscura) sigillarono Eckhardt in una profonda cavità e lo lasciarono lì per 500 anni. Il sigillo su Eckhardt sarebbe durato solamente fino a quando i tre Cristalli sarebbero stati combinati. Fratello Obscura quindi confiscò i cinque dipinti che contenevano i frammenti di Sanglyph. Dipinse immagini religiose sopra quelle maligne e nascose ogni quadro in un luogo diverso per tutto il territorio. I dipinti furono battezzati Dipinti Obscura ("tenebra" in latino). Fu dunque creata una copia di ogni quadro. Queste copie erano conosciute come le Incisioni Obscura. Ogni copia conteneva una mappa codificata della locazione del dipinto originale.

Nel 1945, qualcosa accadde ed uno dei Cristalli si separò dagli altri due. È probabile che ciò avvenne a causa di un evento collegato alla Seconda Guerra Mondiale. Eckhardt si liberò e scappò dalla cavità nella quale trascorse gli ultimi 500 anni in sofferenza. Giurò vendetta contro i Lux Veritatis e riportò in vita il Cabal facendone la base nella sua città natale Praga. Il nuovo Cabal si impegnò a inseguire qualsiasi membro dei Lux Veritatis. Eckhardt riuscì anche ad ottenere il Cristallo di Luce che era stato separato dagli altri due e che era ancora in mano ai Lux Veritatis. Nascose questo frammento nel suo vecchio laboratorio, che si trovava nel profondo sottosuolo proprio in basso allo Strahov, la sede del Cabal.

Dopo aver nascosto questo frammento, Eckhardt ed il Cabal cominciò a rivendicare i cinque dipinti Obscura, al fine di ottenere il Sanglyph. Dal momento in cui Lara viene coinvolta nella storia, il Cabal aveva già in mano tre dei cinque dipinti. Eckhardt quindi assunse Werner Von Croy per trovare gli ultimi due. Von Croy scoprì la locazione del quarto dipinto al di sotto del Louvre grazie alle incisioni Obscura, ma non informò mai Eckhardt, perché dal quel momento, Von Croy scoprì del vero, malvagio lato di Eckhardt e delle sue intenzioni. Sebbene Von Croy fu assassinato, Eckhardt non ne fu responsabile.

Lara trovò i due dipinti rimanenti, di cui Eckhardt dopo rivendicò da lei prima della ritirata nel suo vecchio laboratorio sotto lo Strahov. Quindi egli cominciò a finire quello che aveva iniziato cinque secoli addietro--resuscitare la razza Nephilim. Il Cabal rientrò in possesso dell'ultimo Nephilim esistente in Turchia: un esemplare che fu chiamato "il Dormiente". Per riportare in vita il Dormiente, Eckhardt necessitava di parti del corpo, le quali ottenne dalle vittime da lui uccise usando il suo potente guanto. Durante il confronto finale nel suo laboratorio con Lara, Eckhardt cominciò il processo di resurrezione del Dormiente. Combatté contro Lara usando il Sanglyph, ma fu infine ucciso da Karel, il suo braccio destro nel Cabal, accoltellato dritto in fronte dal terzo Cristallo di Luce. Karel si rivelò essere l'ultimo Nephilim sopravvissuto vivente e dimostrò che tutta la gente che che aiutò Lara morì dalle sue stesse mani per evitare la distruzione del Dormiente. Offrì dunque a Lara la possibilità di unirsi a lui nella sua resurrezione. Lara rifiutò e decise di mettere fine a tutto ciò usando il guanto di Eckhardt sul Dormiente--al fine di distruggerlo e possibilmente facendo fare la stessa fine a Karel. L'episodio successivo avrebbe spiegato se o no Karel fosse riuscito a scappare e riportare il Nephilim in Cappadocia, Turchia.